[김초롱 기자] 자이모 리서치(Zymo Research Corp.)와 베르탱(Bertin)이 협력하여 미생물군집의 작업 흐름에서 시료 용해(lysis) 단계를 완벽하고 편향되지 않게 수행했다고 발표했다.
프리셀리스 에볼루션 호모지나이저(Precellys® Evolution Homogenizer)를 자이모바이오믹스 마이크로비얼 커뮤니티 스탠다드(ZymoBIOMICS® Microbial Community Standards) 및 자이모바이오믹스 DNA미니프렙 키트(ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit)와 함께 사용하여 DNA를 정화한 소재, 절차 및 결과를 설명한 애플리케이션 서술서가 마련돼 있다. 연구원들은 두 회사의 제품을 사용하여 불과 1분만에 세포를 편향되지 않게 용해할 수 있었다. 이 애플리케이션 서술서는 미생물 군집의 정확한 하류 측정 절차를 입증한다.
자이모 리서치의 자이모바이오믹스 제품군은 시료 채취, DNA추출, 라이브러리 준비, 염기서열 결정에서부터 생물 정보, 최종 분석에 이르기까지 미생물 군집분석(microbiomics) 작업흐름 전반에 걸쳐 사용된다. 자이모바이오믹스 마이크로비얼 커뮤니티 스탠다드에는 3개의 용해가 용이한 그람 음성균(Gram-negative bacteria), 5개의 용해가 어려운 그람 음성균 및 2개의 용해가 어려운 효모가 함유돼 있다. 미생물 기준이 이처럼 정확히 특징지어져 있기 때문에 미생물 군집 분석이나 메타 유전체분석(metagenomics) 작업 흐름, 특히 16S rRNA 및 샷건(shotgun)기반 염기서열 결정 접근 과정에서 인공 산물, 오류 및 편향에 노출되는 것을 확인할 수 있다. 자이모 리서치는 미생물 기준과 함께 사용하여 혁신적인 비드(bead) 및 완충 시스템을 통해 미생물을 완전히 용해하도록 조정되어 생물학적 부담을 덜 주는DNA 분리 키트를 제공한다.
베르탱은 10여 년 동안 시료 준비 및 균질화 수단을 제공해 왔다. 회사의 프리셀리스 균질기(homogenizer)는 과학계에서 내구성이 있고 효율적이며 인체공학적인 연구 툴로 널리 인정 받고 있으며 각종 논문에서 광범위하게 언급됐다. 당초 BSL-3(생물안전등급) 연구시설을 위해 설계된 프리셀리스 에볼루션은 크기가 0.5ml~15ml 되는 다양한 튜브를 사용하여 다수의 시료를 효율적으로 균질화할 수 있으며 각 튜브의 위치에서 동일한 균질화를 보장한다.
비드를 두드리는 것은 각종 미생물을 용해하는데 통용되는 방법인데 지금까지 용해의 효율성을 정확히 평가하지 못했다. 마크 반 에덴(Marc Van Eden) 자이모 리서치 사업개발 담당 부사장은 “연구원과 임상의들은 베르탱의 균질기와 자이모 리서치의 마이크로비얼 커뮤니티 스탠다드 및 DNA미니프렙 키트를 결합하여 균질화 절차를 신속하고 완벽하게 마음대로 수행할 수 있게 됐다”고 말했다.
